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2003年，根據(jù)國家衛(wèi)生防疫體制改革要求，在原樂山市衛(wèi)生防疫站基礎(chǔ)上重新組建樂山市疾病預防控制中心，在衛(wèi)生行政部門的領(lǐng)導下，具體實施政府對疾病預防控制、衛(wèi)生監(jiān)督執(zhí)法技術(shù)支撐、健康教育、應用性研究的職能。
中心領(lǐng)導班子始終堅持以鄧小平理論和“三個代表”重要思想為指導，全面落實科學發(fā)展觀，認真貫徹“預防為主”的衛(wèi)生工作方針，牢固樹立“依法監(jiān)測、科學防治、服務大眾”的工作理念，著力于“科學化、規(guī)范化、制度化”建設。積極采用先進管理模式，狠抓內(nèi)部規(guī)范建設，不斷改革創(chuàng)新。
中心現(xiàn)有在職職工102人，專業(yè)技術(shù)人員71人。其中高級專業(yè)技術(shù)人員13人，中級專業(yè)技術(shù)人員27人，碩士研究生6名。中心實驗室占地近2000平方米，現(xiàn)有理化實驗室、微生物實驗室以及臨床檢驗實驗室，擁有熒光定量PCR儀、全自動血球分析儀、全自動生化分析儀、蛋白印跡儀、流式細胞儀、全自動細菌鑒定儀、全自動加樣系統(tǒng)、全自動分液系統(tǒng)、氣相色譜儀、液相色譜儀、原子吸收光譜儀、離子色譜儀、紫外分光光度儀、ICP等先進的檢測儀器設備。近幾年，中心又先后投入數(shù)百萬元建設了食品檢驗室、水質(zhì)檢驗室、碘分析室、精密儀器室、百級潔凈室、萬級潔凈室、衛(wèi)生細菌檢驗室、腸道病原菌檢驗室、分子生物學實驗室、流式細胞檢測室、艾滋病篩查確證實驗室、流感培養(yǎng)實驗室（負壓）以及結(jié)核藥敏實驗室（負壓）。
中心通過實驗室計量認證，取得了職業(yè)衛(wèi)生技術(shù)服務機構(gòu)資質(zhì)證書、職業(yè)健康檢查機構(gòu)資質(zhì)證書、職業(yè)病診斷機構(gòu)資質(zhì)證書，全省率先開展公共場所集中空調(diào)通風系統(tǒng)衛(wèi)生學評價，艾滋病實驗室是全省最早開展艾滋病確認的市級實驗室。
中心按照《疾病預防控制機構(gòu)建設若干規(guī)定》對市級疾控中心的要求開展了疾病控制、衛(wèi)生應急、免疫規(guī)劃、健康危害因素監(jiān)測、健康體檢、檢驗檢測等各項業(yè)務工作。其中艾滋病防治工作成績突出，在國內(nèi)外有一定的知名度，每年均有來自國內(nèi)外的組織或代表團來我中心考察觀摩艾滋病防治工作。
中心2005年成為重慶醫(yī)科大學實習基地，2008年成為四川大學華西公共衛(wèi)生學院的實習基地，圓滿完成帶教任務，實習基地建設和帶教質(zhì)量獲得學校和實習學生的好評。
通過大投入，大量引進新技術(shù)和新設備，中心目前已建成辦公自動化、實驗室信息管理、健康體檢信息等信息管理系統(tǒng)，基本實現(xiàn)業(yè)務、辦公信息化，進一步提高了中心的信息化水平，使我市疾病工作邁入信息化時代。
2004年以來年年被市衛(wèi)生局評為“目標管理優(yōu)秀單位”；
2005年被四川省評為“全省疾病預防控制系統(tǒng)先進集體”；
2006年被樂山市評為全市衛(wèi)生系統(tǒng)“十五”期間先進集體；
2007年被衛(wèi)生部評為“全國結(jié)核病防治先進集體”；
2008年被樂山市委評為“抗震救災先進基層黨組織”；
2009年被樂山市政府評為“樂山市模范單位”；
2010年被樂山市直機關(guān)工委評為“創(chuàng)先爭優(yōu)先進集體”；
2010年中心科研項目“乙肝疫苗保護性抗體快速檢測方法的建立和評價研究”獲得全市疾控系統(tǒng)首個樂山市科技進步一等獎；
2011年被樂山市直機關(guān)工委評為“共產(chǎn)黨員示范單位”；
2012年被四川省重大傳染病指揮部評為“艾滋病防治先進集體”，；以總票數(shù)第一的優(yōu)異成績榮獲四川省2012“群眾最滿意的醫(yī)療衛(wèi)生機構(gòu)”稱號，同時獲得2012“我最喜愛的健康衛(wèi)士”的光榮稱號。
中心全體干部職工出色地完成了各項疾病預防控制工作任務，為保障樂山人民的健康做出了巨大努力。