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為全面體現(xiàn)政府公共衛(wèi)生職能，適應疾病譜和醫(yī)學模式改變，擴大疾病預防控制功能，增強城市公共衛(wèi)生應急能力，優(yōu)化衛(wèi)生防病資源，提高公共衛(wèi)生科技水平，1998年11月，在市委、市政府的重視下，上海按照預防歸口、綜合管理、網(wǎng)絡統(tǒng)一、上下對口、機構整合、功能重組的原則，在原上海市防疫站基礎上，實質性合并市勞動衛(wèi)生職業(yè)病防治研究所、市寄生蟲病防治研究所、市結核病防治中心、市皮膚病性病防治中心以及市腫瘤防治研究辦公室、市心腦血管疾病防治研究辦公室，在全國范圍內率先組建成立了第一個省級疾病預防控制中心——上海市疾病預防控制中心，同時掛牌成立了上海市預防醫(yī)學研究院。
上海市疾病預防控制中心是履行市政府公共衛(wèi)生職能的專業(yè)技術機構，集疾病預防控制與應急、監(jiān)測檢驗與評價、應用科研與指導、技術管理與服務、綜合防治與健康促進為一體，旨在預防和控制危險因素、疾病、傷害和失能，提高全人群健康水平和生命質量。在繼續(xù)加強傳染病預防控制的同時，積極開展對慢性非傳染性疾病和健康危害因素的預防控制，重點加強疾病預防的技術決策、信息綜合、防治實施、應用研究和預防服務等功能。
在城市公共衛(wèi)生安全保障方面，中心率先建成國家突發(fā)急性傳染病防控應急隊，開展公共衛(wèi)生苗子事件監(jiān)測處置，建立傳染病癥候群、病原綜合監(jiān)測系統(tǒng)，開展空氣、飲用水、食品、職業(yè)、放射等全領域健康危害因素監(jiān)測與評估。在人群健康服務管理方面，率先建成“五碼聯(lián)動”疫苗全程追溯管理系統(tǒng)，兒童免疫規(guī)劃疫苗接種率始終維持在98％以上，實施老年人肺炎疫苗、兒童水痘疫苗免費接種；建立疾控中心、定點醫(yī)療機構和社區(qū)衛(wèi)生服務中心“三位一體”的結核病、艾滋病管理模式；率先實現(xiàn)“以人為核心”的主要慢性病整合健康管理模式，慢性病規(guī)范管理率穩(wěn)步提升，實施社區(qū)居民大腸癌篩查，腫瘤登記質量達到國際先進水平。
中心（含市預防醫(yī)學研究院）編制數(shù)903個。2022年底，實際在編人員728名，其中專業(yè)技術人員702名，占96％。專業(yè)技術人員中，高級職稱人員占30％，中級職稱人員占34％，初級及未定級人員占36％；研究生學歷占51％，本科學歷占44％。
近年來，中心不斷加強疾病預防控制能力建設，全面達成“十三五”發(fā)展規(guī)劃各項工作目標，圓滿完成上海市第五輪公共衛(wèi)生體系建設三年行動計劃，提升公共衛(wèi)生風險綜合監(jiān)測預警能力和應急管理能力，提升新發(fā)突發(fā)傳染病戰(zhàn)時綜合檢測能力、溯源能力、預警和響應能力，推動“以人為核心”的全程健康管理模式轉變，增強慢性病綜合服務管理能力，深化健康危險因素監(jiān)測干預，打造公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓的“上海模式”。持續(xù)加快學科建設步伐，建設大數(shù)據(jù)與人工智能運用、病原微生物與生物安全、災難醫(yī)學與衛(wèi)生應急管理、傳染病學、流行病學、食品與營養(yǎng)衛(wèi)生學、環(huán)境衛(wèi)生學、勞動衛(wèi)生學、核醫(yī)學與放射衛(wèi)生學和衛(wèi)生檢驗學等重點學科。持續(xù)加強實驗室能力建設，中心現(xiàn)有3個世界衛(wèi)生組織認可的實驗室，分別為國家級艾滋病病毒耐藥監(jiān)測網(wǎng)絡實驗室，脊灰亞國家實驗室，麻疹/風疹亞國家實驗室；7個省部級實驗室，分別為上海市艾滋病研究中心、國家食品安全監(jiān)測農(nóng)藥參比實驗室、國家致病菌識別網(wǎng)上海市中心實驗室、國家副溶血性弧菌實驗室、國家化妝品監(jiān)測評價重點實驗室、國家食品復檢機構、國家環(huán)境保護新型污染物環(huán)境健康影響評價重點實驗室。持續(xù)開展實驗室能力變更及擴項評審，現(xiàn)有實驗室檢驗檢測能力覆蓋20大類，通過CNAS參數(shù)2650項，通過CMA參數(shù)2547項。二噁英和農(nóng)藥殘留檢測能力達到國際先進水平，人體生物監(jiān)測達到國內領先水平。建成本市新冠病毒公共檢測實驗室，檢測能力增至1.5萬份/日，做到“一錘定音”。積極整合國際國內的資源，推進與國內外公共衛(wèi)生機構的合作與交流，推進公共衛(wèi)生學科發(fā)展、人才培養(yǎng)和業(yè)務水平的提升，建設博士后科研工作站，推進全市公共衛(wèi)生醫(yī)師規(guī)范化培訓，大力培養(yǎng)具有國際視野的公共衛(wèi)生人才隊伍。
上海市疾病預防控制中心將著眼于落實“健康中國”“健康上海”戰(zhàn)略，對照市委市政府《關于完善重大疫情防控體制機制健全公共衛(wèi)生應急管理體系的若干意見》及相關配套文件精神和工作要求，繼續(xù)秉承“曲突徙薪、博學明道、方寸納海、健康為上”的疾控精神，全力推進疾控體系現(xiàn)代化建設，努力打造一流硬件、聚集一流人才、掌握一流技術、具備一流能力，向建成與“卓越的全球城市”功能定位相匹配、與“全球公共衛(wèi)生最安全的城市之一”的目標相適應、國內領先、國際先進的疾病預防控制機構的目標邁進。